【国宝】..指定名称は『醍醐寺金堂』...醍醐寺のご本尊、薬師如来坐像が安置されています。元は醍醐天皇の御願により延長4年（926）に釈迦堂として創建されましたが永仁、文明年間と二度焼失。その後豊臣秀吉の命によって紀州湯浅から移築が計画されましたが仮柱が立てられてすぐに秀吉が亡くなり工事は一旦中止、しかしその後、秀頼に引き継がれ慶長5年（1600）に完成したのが現在の金堂の元になってます。
【国宝】指定名称は『醍醐寺五重塔』...醍醐天皇の菩提を弔うため、第一皇子・朱雀天皇が承平6年（936）に着工、第二皇子・村上天皇の天暦5年（951）に完成しました。醍醐寺で唯一兵火を免れ創建当時の姿をとどめています。高さは約38メートルで屋根の上の相輪は約13メートルと塔高の１／３を占めており見た目にも安定感を与えています。
【特別名勝・特別史跡】三宝院は永久3年(1115)、醍醐寺第14世座主・勝覚僧正により創建されました。醍醐寺の本坊的な存在であり、歴代座主が居住する坊です。 現在の三宝院は、その建造物の大半が重文に指定されています。中でも庭園全体を見渡せる表書院は寝殿造りの様式を伝える桃山時代を代表する建造物であり、国宝に指定されています。
慶長10年（1605）、豊臣秀頼によって再建された仁王門。別名西大門。安置されている仁王像（重文）は、もと南大門安置の尊像で、平安後期長承3年（1134）に仏師勢増・仁増による造立。
昭和5年（1930）、山口玄洞（やまぐちげんどう）の寄進で造営された。上醍醐准胝堂が落雷で焼失し、西国三十三所第十一番の札所本尊准胝観音（じゅんていかんのん）がここに移安されて、観音堂（旧大講堂）となった。一山の納経朱印がここに集約されて、ここで授与されている。（2014/2現在）
西国三十三所観音霊場第十一番札所。平成20年（2008）8月24日に落雷で上醍醐准胝堂が炎上。本尊も焼失したが、分身像がドイツの「醍醐寺展」に出陳されていたため無事であった。それは女人堂、金堂を経て大講堂に安置され、平安以来、上醍醐にあった西国札所は下醍醐に移り、大講堂は観音堂と名称を改められた。この時ついでに、近畿三十六不動尊第二十三番札所の納経朱印も、下醍醐で受け付けるようになった。
西国三十三所観音霊場第十一番札所。だったが、平成20年（2008）8月24日に落雷による火災で全焼。焼けた御堂は昭和43年（1968）の建物で、40年しか存在しなかった。復興を目指しているとのことだが、一向そのように見受けられない。西国霊場最大の難所と言われた上醍醐の札所は、下醍醐大講堂を観音堂という名称に改めて山上から下ろされた。
【国宝】登録名称は「醍醐寺薬師堂」…醍醐寺山上伽藍の主要堂宇で、現在の堂は安保2年(1121)に再建されたもの。三宝院・上醍醐・下醍醐の全体で醍醐寺だが、上醍醐は醍醐寺開創の地であり、下醍醐からは山道を1時間ほど上らないとたどり着けない厳しい場所にあります。国宝は「薬師堂」のほか「清滝宮拝殿」、重要文化財に「開山堂」「如意輪堂」などがあります。
【国宝】登録名称は「醍醐寺清滝宮拝殿」…「滝」を「瀧」と表記の場合あり。山腹をわずかに切り開いて前面が崖にさしかかる懸造り(かけづくり)の構造になっている。三宝院・上醍醐・下醍醐の全体で醍醐寺だが、上醍醐は醍醐寺開創の地であり、下醍醐からは山道を1時間ほど上らないとたどり着けない厳しい場所にあります。国宝は「清滝宮拝殿」のほか「薬師堂」、重要文化財に「開山堂」「如意輪堂」などがあります。
【国重要文化財】開山堂の隣にあります。 醍醐寺の開山・聖宝は醍醐山を密教の聖地とし、如意輪、准胝の２観音像を彫り、堂を建てて祀りました。 当初の如意輪堂は1260年に焼失し、現在のものは1608年に豊臣秀頼により再建されたものです。
【国重要文化財】醍醐寺の開山、聖宝・理源大師を奉安したお堂。最初は御影堂(みえどう)といい、延喜11年(911)に理源大師の弟子、醍醐寺第一世、観賢座主によって建立されましたが後に焼失。鎌倉時代に再建されたものの荒廃してしまいました。現在のお堂は、慶長11年(1606)に豊臣秀頼によって再建されたもので、雄大な桃山時代の特徴をよく表した山上最大のお堂です。
【国重文】本殿。醍醐寺の鎮守清瀧権現（せいりゅうごんげん）を祀る。永長2年（1097）、上醍醐の清瀧宮から勧請された。文明の兵火で焼失し、現在の社殿は永正14年（1517）の再建。
比叡山周辺や六甲や関東の高尾～陣馬みたいに縦走路があるが、有料区域設定のため公式には立ち入り禁止になっていてわかりにくい。上醍醐を縦走路から通る場合山規により醍醐の下の料金所を一度通過しないといけない。
